De oudste vermelding van Schouwenburg dateert van 1333. Twee eeuwen later in 1544 verkocht ene Otto van Haeften Schouwenburg aan Aert van Arler. We weten uit een bewaard gebleven verpondingscohier (een soort belastingregister) dat er in 1623 een aanzienlijk huis moet hebben gestaan. De oudste delen en balklagen op de verdieping van het huidige huis stammen dan ook uit die tijd.
Tot 1761 is het landgoed eigendom gebleven van nazaten van Aert van Arler. Door vererving in de vrouwelijke lijn wisselden de adellijke namen van de eigenaren regelmatig: Sageman, Heeck, van Zuylen van Nijevelt en van Dedem. De laatste Frederik Hendrik van Dedem leefde op iets te grote voet, zodat na zijn overlijden in 1761 Schouwenburg verkocht moest worden om zijn schulden af te betalen.
De volgende eigenaar-bewoner werd John McLeod. Die het op zijn beurt weer verkocht in 1777 aan de Baron Adolph Pieter Carel van Spaen. Drie generaties bleef Schouwenburg in handen van deze adellijke familie tot 1852. Daarna werd het huis enkele jaren bewoond door de burgemeester van Manen tot 1857.
In de daarop volgende tien jaar, in het bezit van koopman J.H. Jansen uit Raalte, ging het huis sterk achteruit. Zozeer, dat het als bouwval te koop werd aangeboden in 1867.
De Baron van Sytzama, rechter te Doornspijk, redde het huis van de ondergang. Ook de twee volgende generaties van die familie bewoonden Schouwenburg tot 1976. De freule van Sytzama droeg Schouwenburg in dat jaar over aan het Geldersch Landschap en Kasteelen.
Van 1976 tot 2002 was het Evangelisch Begeleidingscentrum gevestigd op Schouwenburg. Daarna heeft het huis enkele jaren moeten wachten tot er een definitieve nieuwe bestemming werd gevonden. Eind 2008 hebben de huidige bewoners het huis, dat inmiddels hard toe was aan een grondige restauratie, gekocht.